[转载]文献中流式图的排版总结

世界杯球童 2025-09-01 20:10:02 1649

在免疫学方面的文献中,流式图是标配,现在总结一下文章中流式图的排版。

第一个案例[1]:

不同样本不同时间点的流式图,这是放在正文中的流式图,排列如下所示:

此图特点:

所有样本的中使用的相同marker,都使用一个,放在一个大坐标中,坐标并没有使用流式细胞仪自带的软件或者是Flowjo标记的标签,图是经过了AI或PS编辑;

上端是时间标签;

右端是样本标签;

左端与下端是markers标签。

第二个案例[2]:

在这个图中,使用了不同的门亚划分亚类,使用箭头来标明亚群的流式图,如下所示:

此图特点:

细胞的marker,也就是横纵坐标轴没有使用流式细胞仪自带的软件或Flowjo进行编辑,图是经过了PS或AI的编辑;

如果B亚群在A亚群里面,使用箭头进行标记。

如果是单染的话,通常是使用峰图来表示,还是此篇文献,如下所示:

此图特点:单染通常使用峰图表示,使用不同的颜色来标记不同的样本。

第三个案例[3]

在这个案例中,有四组,其中一组是对照,剩下三组用同一个因素去干预,可以使用横线来表示,如下所示:

此图特点:

对照组放左图,实验组放右边;

实验组使用相同的条件进行干预,要使用横线进行标明;

相同的markers可以统一使用,不同在每张流式中进行标明,而是使用AI或PS进行统一编辑。

第四个案例[4]

此图特点:

某个亚群的亚群,使用箭头来标明;

不同的样本来源,在每张图式图的上面进行标注;

右边的两张图是使用了同型对照;

通常情况下,首选使用FSC/SSC来划分亚群,不过有的情况下,也有人直接放出目标细胞的亚群,看下面的案例。

第五个案例[5]

此图特点:并没有使用FSC/SSC来进行第一个亚群的划分,原因我猜可能是由于排版的问题,直接放出最关键的亚群即可。小图的右边是对每个亚群进行定量。

现在总结如下:

一、

在进行不同的亚群划分时,通常是先SSC/FSC进行画门,严格情况下,有人还会使用DAPI来区分死细胞,然后再在该门中进行目标细胞亚群的划分。

二、

从流式细胞仪中直接拷出来的流式图,或者是经Flowjo编辑过的流式图通常无法直接放在文章中,需要放在AI或PS中进行进一步的编辑与排版,例如每个样本的流式图不必都标记上marker,把相同的marker直接使用一个大的坐标系,每张流式图的上方或右侧放上样本名称。

三、 如果样本多,需要进行统计时,还要放上统计结果。

四、

在进行流式图的排版时,不同的markers直接写上就行,荧光染料通常不用标记,例如在使用F4/80-PE对细胞进行染色时,最终坐标上只用写上F4/80即可,不用写上F4/80-PE。

参考文献

1.

van de Laar, L., et al., Yolk

Sac Macrophages, Fetal Liver, and Adult Monocytes Can Colonize an

Empty Niche and Develop into Functional Tissue-Resident

Macrophages. Immunity, 2016.

2.

Sabatel, C., et al., Exposure

to Bacterial CpG DNA Protects from Airway Allergic Inflammation by

Expanding Regulatory Lung Interstitial Macrophages. Immunity,

2017. 46(3): p.

457-473.

3.

Bauché, D., et al., LAG3+

Regulatory T Cells Restrain Interleukin-23-Producing CX3CR1+

Gut-Resident Macrophages during Group 3 Innate Lymphoid Cell-Driven

Colitis. Immunity, 2018. 49(2): p.

342-352.e5.

4.

Thomas, G.D., et al., The

biology of nematode- and IL4Ralpha-dependent murine macrophage

polarization in vivo as defined by RNA-Seq and targeted

lipidomics. Blood, 2012. 120(25): p.

e93-e104.

5.

Boulenouar, S., et al., Adipose Type One Innate Lymphoid Cells

Regulate Macrophage Homeostasis through Targeted Cytotoxicity.

Immunity, 2017. 46(2):

p. 273-286.

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